Table 1 |
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Execution times of MOLA using 1 (serial), 2, 6 and 10 processors (parallel). |
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Execution time (minutes) |
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PDB code |
Receptor-Ligand Complex |
Serial |
Parallel |
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1 |
2 |
6 |
10 |
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1RBP |
Retinol binding protein-retinol |
Vina |
1110 |
593 |
216 |
132 |
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AutoDock4 |
2650 |
1385 |
499 |
310 |
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1HVR |
HIV-1 protease-XK263 |
Vina |
1034 |
536 |
195 |
120 |
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AutoDock4 |
2646 |
1366 |
484 |
306 |
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3PTB |
Trypsin-benzamidine |
Vina |
1108 |
583 |
211 |
129 |
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AutoDock4 |
2627 |
1367 |
495 |
302 |
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1STP |
Streptavidine-biotin |
Vina |
1025 |
535 |
193 |
119 |
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AutoDock4 |
2646 |
1369 |
493 |
305 |
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Abreu et al. Journal of Cheminformatics 2010 2:10 doi:10.1186/1758-2946-2-10 |
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